Lista de scripts del PBS

#!/bin/sh
### Nombre de la tarea
#PBS -N etohaug

###Opciones de ejecucion
#PBS -l nodes=5:ppn=2

###Memoria a utilizar
##PBS -l mem=3000

#PBS -l walltime=72:00:00

### Nombre de la cola
#PBS -q myrinet

### Comandos para la ejecucion de la tarea

### Entra al directorio de trabajo actual
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE > lista
# Determina el numero de procesadores para ejecutar la tarea
NP=`(wc -l < $PBS_NODEFILE) | awk '{print $1}'`
# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI

# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI
/usr/local/mpich_gm-1.2.7.15_intel_90/bin/mpirun.ch_gm -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /STORAGE/home/jgo/alvaro/soft/nwchem-5.0-32-intel/bin/LINUX/nwchem etohh2oaugccpvtz.in 1> etohh2oaugccpvtz_2.out 2> erretohaug

exit 0

#!/bin/sh
### Nombre de la tarea
#PBS -N ethh2o

###Opciones de ejecucion
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -l walltime=72:00:00

### Nombre de la cola
#PBS -q itanium

### Comandos para la ejecucion de la tarea

### Entra al directorio de trabajo actual
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE > lista_eth
# Determina el numero de procesadores para ejecutar la tarea
NP=`(wc -l < $PBS_NODEFILE) | awk '{print $1}'`
# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI

# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI
/STORAGE/home/jgo/alvaro/soft/myrinet/mpich-gm-ita-nw/bin/mpirun.ch_gm -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /STORAGE/home/jgo/alvaro/soft/nwchem-5.0-64/bin/LINUX64/nwchem etohh2oaugccpvtz.in 1> etohh2oaugccpvtz_2.out 2> erreth

### /usr/local/bin/dsh 'rm -rf /usr/tmp/*'

exit 0

#!/bin/sh
### Nombre de la tarea
#PBS -N ethh2o

###Opciones de ejecucion
#PBS -l nodes=2:ppn=4
#PBS -l walltime=72:00:00

### Nombre de la cola "infiniband1" o "infiniband2"
#PBS -q infiniband1

### Comandos para la ejecucion de la tarea

### Entra al directorio de trabajo actual
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE > lista_eth
# Determina el numero de procesadores para ejecutar la tarea
NP=`(wc -l < $PBS_NODEFILE) | awk '{print $1}'`
# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI

# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI
/usr/local/mvapich-vapi/bin/mpirun_rsh -rsh -hostfile $PBS_NODEFILE -np $NP /STORAGE/home/jgo/alvaro/soft/nwchem-5.0-32-infini/bin/LINUX64/nwchem etohh2oaugccpvtz.in 1> etohh2oaugccpvtz_2.out 2> erreth

### /usr/local/bin/dsh 'rm -rf /usr/tmp/*'

exit 0

#!/bin/sh
### Nombre de la tarea
#PBS -N ethh2o

###Opciones de ejecucion
#PBS -l nodes=2:ppn=2
#PBS -l walltime=72:00:00

### Nombre de la cola
#PBS -q gigacbi

### Comandos para la ejecucion de la tarea

### Entra al directorio de trabajo actual
echo Working directory is $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE > lista_eth
# Determina el numero de procesadores para ejecutar la tarea
NP=`(wc -l < $PBS_NODEFILE) | awk '{print $1}'`
# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI

# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI
/usr/local/mpich-1.2.7p1-intel-9.0-xeon32/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /STORAGE/home/jgo/alvaro/soft/nwchem-5.0-giga/bin/LINUX/nwchem etohh2oaugccpvtz.in 1> etohh2oaugccpvtz_2.out 2> erreth

### /usr/local/bin/dsh 'rm -rf /usr/tmp/*'

exit 0

#!/bin/sh

# Las lineas que comienzan con "#PBS" son comandos
# para el sistema de colas PBS.

# Hay que editar este script, cambiando <numero de nodos>,
# <procesadores por nodo>, Nombres de los archivos de salida,
# Nombre de la tarea y <ejecutable>.

# Para correr una tarea con el PBS hay que ejecutar
# qsub <nombre del script>

### Nombre de la tarea
#PBS -N agudos

### Nombres de los archivos de salida

### Opciones de ejecucion
#PBS -l nodes=1:ppn=2:new,walltime=0:5500:00
#PBS -q fqt

### Comandos para la ejecucion de la tarea

# Entra al directorio de trabajo actual
cd $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE > nodos

# Determina el numero de procesadores para ejecutar la tarea
NP=`(wc -l < $PBS_NODEFILE) | awk '{print $1}'`
# Ejecutar la tarea en todos los procesadores asignados con MPI
/home/jgo/mpich/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np 2 /home/alvaro/soft/nwchem-5.0/bin/LINUX/nwchem 11.in 1> 11.out 2> error_2
export WCOLL=$PBS_NODEFILE

rm -rf /tmp/*

exit 0